通常注销分公司的费用需根据公司类型，企业是否正常报税来决定。
一般情况下，注销分公司缴纳的费用主要是补缴的税费和罚款。
若为正常户注销，其收费一般为4000元左右。但若为非正常户注销，那么其费用就需根据企业实际经营状况来进行综合评定。
另外，若企业寻求第三方成都公司注册代理机构提供注销服务，那么其还需要支付相关代理服务费用。
分公司注销登记需要提交什么材料?
(1)公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人签署并加盖公司公章的《分公司注销登记申请书》;
(2)公司签署、加盖公司公章并粘贴指定代表或共同委托代理人身份证复印件的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，应标明具体委托事项、权限、委托期限。
指定代表或共同委托代理人要提交身份证原件(供当场确认使用)。
(3)公司出具的注明分公司注销原因的注销决定。
(4)分公司的《营业执照》正、副本。
(5)分公司完税证明。
您所说的“税务系统中好象还处于非正常状态”如是指没有进行税务登记，可以提交领取营业执照时工商登记机关核发的办理税务登记使用的那联“分公司登记核准通知书”作为证明。
(6)分公司如单独开设有银行账户的，还需提交银行清户证明。
(7)分公司公章。
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