科技小巨人工程采取市区(县)联动方式,实行市区(县)科技行政管理部门集中受理,市区(县)科技和产业行政管理部门联合评审、共同授牌的方式。
科技小巨人企业申报条件包括以下几个方面：
企业需要拥有自主知识产权，包括发明专利、实用新型专利、外观设计专利、软件著作权等。这些知识产权需要与企业主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用。
企业近三个会计年度的研究开发费用总额占同期营业收入总额的比例需要不低于4%，其中软件和信息技术服务业、医药制造业的比例不低于6%。
企业上一年度从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业职工总数的比例不低于10%且达50人（含）以上。
企业上一年度主导高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%，市场占有率位于全省前3位或全国前5位。
企业上一年度营业收入需要达到2亿元（含）以上。
近三个会计年度营业收入或净利润复合增长率达15%以上，或近三个会计年度累计获得股权融资超过8000万元（或等值外币）。
申请前一年企业未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。山区26县、海岛县企业，可适当放宽营业收入或市场占有率等部分条件要求。
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