基于流转税角度分析，增值税作为流转税的第一大税种对高新技术产业发展的影响体现在产业自身的发展、经营过程中。增值税作为一种流转税具有税负上的可转嫁性，但因为现阶段增值税抵扣链条还存在缺陷因此存在留抵税额同时受到商品需求价格弹性的限制，税收负担的转嫁和归宿不确定性较大，因此较高的增值税税负会削弱企业内部现金流水平并挤占研发创新支出。
从整体看，从营改增到增值税税率变动、增值税改革，一定程度上有效减轻企业税收负担，降低企业生产投资成本，增加企业可利用现金流，有利于企业增加创新支出，进行研发创新活动，提高企业技术水平、生产率及市场竞争能力，具体体现在通过营改增和增值税减税并档，打通增值税抵扣链条，且不断加码升级；增值税税率下调，一定程度 *** 居民消费需求使产量增加。
提高高新技术产业营业收入，进而提升企业现金创造能力，增加创新投入和创新产出。企业所得税作为我国所得税类核心税种之一，只有在企业一个会计年度后存在盈利水平才会征收，所得税征收会挤占企业原本创新支出与相应的“风险准备金”，降低企业收入在扣除成本、费用、损失、不征税收入、免税收入、以前年度亏损后的利润总额。
高新技术产业进行研发创新项目，若预期净现值大于零则对其征收所得税后的净现值仍然大于零，具有继续开发的价值；若预期净现值小于零则不对其征收企业所得税。所得税的相关税收优惠措施可以减轻高新技术产业的税收负担，直接增加企业当期经营活动现金净流量，相应的提高企业创新投入，同时形成规模效率，提高创新产出。
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