申请人通过所在地的门户网站进入“市财政科技投入信息管理平台”，按系统提示在线填写、提交《科技企业统计年报》和申报书，并在线打印书面材料（非由申报系统在线打印的书面材料，或书面材料与网上填报材料不一致的，不予受理）。
网上填报程序：（以上海市为例）
（1）登陆“中国上海”网站（www.shanghai.gov.cn）；
（2）一网通办—利企服务—点击“上海市财政科技投入信息管理平台”图片链接进入申报页面：
-【账户注册】转入注册页面进行单位注册，然后再进行申报账号注册（单位注册需使用“法人一证通”进行校验）；
-【初次填写】使用申报账号登录系统，转入申报指南页面，点击相应的指南专题后开始申报项目；
-【继续填写】登录已注册申报账号、密码后继续该项目的填报。
（3）有关操作可参阅在线帮助。
企业将书面材料（一式二份）报送至注册地区科技行政部门。所有书面材料需采用A4纸双面打印，使用普通纸质材料作封面，不采用胶圈、文件夹等带有突出棱边的装订方式。
区科技行政部门会同区产业行政部门对所辖区内的申报单位进行初审，并择优推荐，形成初审及推荐意见汇总表。
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