上海市高新技术企业认定采取“国家高新技术企业认定管理工作网”先行注册，市政府“一网通办”平台线上提交材料，受理点形式审查，网上专家评审，认定公示后提交书面材料的方式开展。
1、企业自我评价：企业对照上述认定条件，进行自我评价。
2、注册登记：自我评价后认为符合认定条件的企业，根据以下不同的情况开展相关工作：
2.1、2008年以来从未注册过的企业应在“国家高新技术企业认定管理工作网”上登录,按要求填写《企业注册登记表》（《工作指引》附件1），并通过网络系统提交。
2.2、2008年以来已在“国家高新技术企业认定管理工作网”注册过的企业，可直接在市政府“一网通办”平台上开展申报工作。如遇有效期内高企名称变更，需在“国家高新技术企业认定管理工作网 上提交高新技术企业更名申请，并由市认定办受理并数据同步后，可参加重新认定（具体程序参见3.2高新技术企业更名申请程序）。
3、线上提交材料：参加高新技术企业认定的申请企业，统一填报《高新技术企业认定申请书》。填报方式：进入市政府“一网通办”平台中“按部门”->“上海市科学技术委员会”->“高新技术企业认定”->“立即办理”->“认定”，使用“法人一证通USB Key”（USB Key中信息须保持*新）登录并填写《高新技术企业认定申请书》，并通过网络系统提交如下申请材料：
3.1、《高新技术企业认定申请书》（申请书网上提交，同时打印后由法定代表人签名，加盖企业公章后彩色扫描上传至附件—其他证明材料中）；
3.2、知识产权相关材料
知识产权证书（已授权的发明专利、实用新型、外观设计、软件著作权、集成电路布图设计、植物新品种申报系统可直接识别，企业无须上传证书；新药证书等其他知识产权需上传相关证书或授权通知书及缴费收据）及反映技术水平的证明材料，参与制定标准情况等；
科研项目立项证明（已验收或结题项目需附验收或结题报告）；
研究开发组织管理（总体情况与四项指标符合情况的具体说明）等相关材料；
3.3、企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标的具体说明，相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料；
3.4、经具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构出具的企业近三个会计年度（实际年限不足三年的按实际经营年限，下同）研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动、研究开发费用会计核算及辅助核算账情况的说明材料；
3.5、经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注等）；
3.6、近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表（包括主表及附表）。
对涉密企业，须将申请认定高新技术企业的申报材料做脱密处理，确保涉密信息安全。
企业严格按照下列标准（相关信息可以参阅所属行业协会的公开信息），选择会计师事务所或税务师事务所等中介机构，对研究开发费用以及高新技术产品（和服务）收入进行专项审计。
（1）具备独立执业资格，成立三年以上，近三年内无不良记录。
（2）承担认定工作当年的注册会计师或税务师人数占职工全年月平均人数的比例不低于30%，全年月平均在职职工人数在20人以上。
（3）相关人员应具有良好的职业道德，了解国家科技、经济及产业政策，熟悉高新技术企业认定工作有关要求。
凡符合上述条件并为本市企业出具相关专项审计报告的会计师事务所或税务师事务所等中介机构，应在提交专项审计报告的同时报送中营业执照（复印件）、执业证书复印件、全年月职工平均人数、注册会计师人数等相关证明材料，并在认定申请书附表中填写审计人员证书编号等信息。
4、受理及审核
申请企业在网上正式提交后，即可由各受理点（具体联系方式详见附件1）受理，经审查确定申请材料完备与真实之后，完成网上收件工作；高企审核机构受理申请材料后，将企业的申请材料按技术领域分类，组织相关专家开展网上评审。
5、认定报备
专家评审结束后，高企审核机构结合专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合审查（可视情况对部分企业进行实地核查），提出初审核意见。
审核意见由高企审核机构报市认定办备案。对符合认定条件的申报单位，由上海市高新技术企业认定指导小组审定认定后公示，并报国家高新技术企业认定领导小组办公室正式备案。
6、公示公告
经认定报备的企业名单，在“上海科技”和“高新技术企业认定管理工作网”公示10个工作日。公示无异议的，经国家高新技术企业认定领导小组办公室备案批复后，由市认定指导小组发文公布高新技术企业名单，并向通过企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”（加盖市科委、市财政局、市税务局印章），认定时间以国家公示时间为准，并在“上海科技网”和“高新技术企业认定管理工作网”上公告通过企业名单。
公示有异议的企业，须以书面形式实名向高企审核机构提出复核，由高企审核机构和市市认定办联合组织核实处理工作。
7、线下提交书面材料
通过的企业发文公布后10个工作日内，将《高新技术企业认定申请书》及相关附件装订成册（电子文本和书面文本相一致）向受理点提交一份完整的书面申报材料。
8、事中事后监管
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