《规程》分为26条，明确了视同销售的范围、运费扣减的条件、代扣代缴的原则、应税产品计税价格确定方法以及规范申报、部门协作、信息共享、风险管理等事项，主要内容如下：
（一）明确了自采自用原矿或精矿计税价格的确定方法
在实际征管工作中，对纳税人开采原矿并自用于加工（或冶炼）非应税产品的，其自用原矿或精矿的计税价格难以确认。为解决上述问题，除可依据《中华人民共和国资源税暂行条例实施细则》第七条规定外，《规程》新增了按价值构成进行价格确认的方法，即按后续加工非应税产品销售价格，减去后续加工环节成本利润后确定。这种方法在一些地区已被实践证明行之有效，各地认为有必要纳入《规程》中。同时《规程》新增了“按其他合理方法确定”的兜底条款。
（二）明确了运杂费和外购矿的扣减范围及凭据
资源税实行从价计征改革后，资源税的征税对象为原矿和精矿，计税依据调整为精矿或原矿等产品的销售收入。在通常情况下，销售收入与运杂费、自采矿与外购矿是分别核算的，但实际情况比较复杂，结算方式多种多样，有的纳税人销售收入包含运杂费，有的纳税人将外购矿与自采矿进行混合后销售。为公平税负，避免重复征税，使资源税计税依据回归到资源本身的价值上来，《规程》规定对包含在销售收入中的运杂费用或外购矿购进金额进行扣减。
（三）规范了资源税减免政策落实方式
从2010年6月到2016年7月，原油、煤炭、稀土、铁矿等应税产品先后实行资源税从价计征改革。由于每次改革针对的矿产资源品目情况不同，设计的减免政策及落实方式也不尽相同，为方便纳税人查阅和基层执行，《规程》明确规定油气田企业直接以其填报的纳税申报表及附表作为资源税减免备案资料即可；其他纳税人按照规定进行资源税减免资料的备案。
（四）规范了资源税代扣代缴
全面推开营改增后，增值税发票链条已在矿业采选和流通环节全面建立，为利用增值税发票控管资源税零散税源创造了有利条件。通过山西、重庆、山东一些市县利用增值税发票控管资源税零散税源的试点经验看，资源税可以做到在开采地源泉控管，纳税人自行申报缴纳资源税比例不断提高。为此，《规程》明确规定，“对已纳入开采地正常税务管理或者在销售矿产品时开具增值税发票的纳税人，不再采用代扣代缴的征管方式。”
（五）完善了部门协作和风险防控措施
矿业管理部门、行业协会拥有大量的涉税信息，例如采矿权出让转让信息、矿产品产销量和矿价信息等，这些第三方信息有利于资源税源头控管和风险防控，因此《规程》强调税务机关要主动与矿业管理部门、行业协会等有关部门沟通协作，实现信息共享，加强资源税事前事中事后管理。
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