总分机构的账务处理及非独立核算和独立核算的对比

总公司药店下面有多个分支机构，目前是独立核算，各个分支机构独立做账报税、自行开发票，现在打算变成非独立核算，全部交由总公司做账报税，所得税和财务报表需要合并吗？怎么合并？其他税种也是由总公司申报吗？是独立核算好还是非独立核算好？