承接工程后续问题？？？？？

我是外省西安一个分公司，在2013年在西安承接工程，款项都进分公司账，由于16年体制改革，分公司不在管理西安的项目，由现在的承包人给公司交管理费，接手完成后续的工程。有个问题就是以前的分公司工程款拖欠去年将剩余的工程款打进分公司账号，税务不知道允许吗