进项发票太多没认证，—直没交增值税，有什么影响

我公司是批发企业，进了很多货，进项发票很多没认证，实际库存和账上存货不等，有什么影响?如果全部认证了，会一直有抵扣留存不用交增值税，又有什么影响?马上年底了，怎么处理比较好?