减免税相关所需的独立核算

老师你好！我们单位目前经营两个项目，其中一个符合资源综合利用增值税即征即退减免70%，同时符合环境保护，节能节水所得税三年三减半政策。根据要求相关成本费用需要独立核算，这所谓的独立核算应该如何进行，一般类似的行业利润率多少？